As incubadoras podem ser de três modalidades, dependendo do tipo de empreendimento que abrigam:
É a incubadora que abriga empresas cujos produtos, processos ou serviços são gerados a partir de resultados de pesquisas aplicadas, nos quais a tecnologia representa alto valor agregado.
É a incubadora que abriga empresas ligadas aos setores tradicionais da economia, as quais detêm tecnologia largamente difundida, e queiram agregar valor aos seus produtos, processo ou serviços por meio de um incremento em seu nível tecnológico. Devem estar comprometidas com a absorção ou o desenvolvimento de novas tecnologias.
A incubadora mista é composta por empresas de base tecnológicas e de setores tradicionais.